Чайный гриб богат ферментами и пробиотиками, которые полезны для здоровья кишечника. В этом его можно сравнить с кефиром и квашеной капустой. При брожении в напитке вырабатывается уксусная кислота, под воздействием которой появляются уксуснокислые бактерии, пополняющие популяцию условно полезных бактерий в кишечнике. Некоторые учёные полагают, что употребление чайного гриба позволяет снизить уровень «плохого» холестерина.

Польза чайного гриба обусловлена SCOBY (symbiotic culture of bacteria and yeast) — симбиотической культурой бактерий и дрожжей. В производстве её называют комбуча-культурой.